El Ecomuseo Harinera se levanta sobre el antiguo molino del medio, uno de los tres molinos que existían en la vila medieval de Castelló d’Empúries.
Su aspecto actual, un gran edificio de tres pisos, i la maquinaria que contiene, son el resultado del proceso de industrialitzación que, alrededor de los años 1860, supuso la transformación técnica y constructora del antiguo molino, que se convirtió en fábrica.
Actualmente, su excelente estado de conservación permite mostrar todo el proceso de fabricación de la farina.
Desde 1997, el Ecomuseo Harinera es uno de los museos que forman la red del Sistema del Museu de la Ciència i de la Tècnica de Catalunya, una agrupación de espacios que reproducen el proceso de industrialitzación en Cataluña.